Лаборатория цифровой биоэнергетики микроорганизмов
Разрабатываем антибиотики нового поколения против устойчивых штаммов пневмококков, создавая уникальный технологический цикл: от компьютерного скрининга перспективных соединений с помощью ИИ до проверки их активности на изолированном ферменте
До 16 марта открыт прием заявок в лабораторию
Цель лаборатории
Создание полного цикла автоматизированного поиска и оценки ингибиторов АТФ‑синтазы пневмококка с последующим тестированием на реальных образцах, позволяющего быстро находить эффективные и безопасные средства борьбы с заболеваниями, включая инфекции, вызванные штаммами бактерий, устойчивых к современным антибиотикам
Исследование механизмов энергообмена у микроорганизмов и выявление слабых мест в этих процессах для создания новых антибактериальных препаратов
Цель
Наша миссия
Руководитель лаборатории
Доктор биологических наук, профессор Центрального университета
Выпускник МГУ имени М. В. Ломоносова. Работал в ведущих университетах мира: в Германии (группа проф. Вольфганга Юнге), Великобритании (группа проф. Марка Сансома, стипендиат EMBO), Италии (группа проф. Андреа Меландри), Японии (группа проф. Масасуке Йошида). С 2011 года заместитель декана по науке факультета биоинженерии и биоинформатики, с 2016 года — заместитель директора по науке НИИ физико‑химической биологии имени А. Н. Белозерского. В 2022 году защитил докторскую диссертацию на тему «Механизмы сопряжения и регуляции протон‑зависимой АТФ‑синтазы бактерий». Специалист в области биоэнергетики микроорганизмов и функционирования АТФ‑синтазы. Автор более 40 научных публикаций.
Web of Science Researcher ID: Индекс Хирша 15, 871 цитирование
Scopus Profile: Индекс Хирша 17, 1026 цитирований
РИНЦ (SPIN-код) 5980-0310, Индекс Хирша 17, 1002 цитирования
Google Scholar Profile: Индекс Хирша 21, 1533 цитирования
Scopus Profile: Индекс Хирша 17, 1026 цитирований
РИНЦ (SPIN-код) 5980-0310, Индекс Хирша 17, 1002 цитирования
Google Scholar Profile: Индекс Хирша 21, 1533 цитирования
Публикации
- Bruman, S. M., Zubareva, V. M., Shugaeva, T. E., Lapashina, A. S., & Feniouk, B. A. (2025). Activation of bacterial F-ATPase by LDAO: deciphering the molecular mechanism. Biochemistry (Moscow), 90(3), 374−388.
- Litvin, A. V., Lapashina, A. S., Ermidis, A. P., Gelfand, M. S., & Feniouk, B. A. (2025). ProAD-A database of rotary ion-translocating ATPases in prokaryotic genomes. Frontiers in Molecular Biosciences, 11, 1 471 556.
- Páli, T., Feniouk, B., & Wilkens, S. (2024). Functions, working mechanisms, and regulation of rotary ATPases and Ductin proteins. Frontiers in Molecular Biosciences, 11, 1 399 421.
- Lapashina, A. S., Kashko, N. D., Zubareva, V. M., Galkina, K. V., Markova, O. V., Knorre, D. A., & Feniouk, B. A. (2022). Attenuated ADP-inhibition of FOF1 ATPase mitigates manifestations of mitochondrial dysfunction in yeast. Biochimica et Biophysica Acta (BBA)-Bioenergetics, 1863(5), 148 544.
- Galkina, K. V., Zubareva, V. M., Kashko, N. D., Lapashina, A. S., Markova, O. V., Feniouk, B. A., & Knorre, D. A. (2022). Heterogeneity of starved yeast cells in IF1 levels suggests the role of this protein in vivo. Frontiers in microbiology, 13, 816 622.
Направления работы лаборатории
Молекулярное моделирование и дизайн
01
Создание высокоточных атомарных моделей ключевых мишеней (например, АТФ‑синтазы S. pneumoniae) с использованием платформы ProAD и специализированных алгоритмов. Эта работа формирует фундамент для всего последующего конвейера открытия лекарств
Экспериментальная биология и белковая инженерия
02
Разработка уникальных методов экспрессирования и очистки белков патогенов (например, АТФ‑синтазы) в безопасной модели E. coli. Такой подход устраняет необходимость работы с потенциально опасными микроорганизмами и гарантирует наличие чистого белка для дальнейшего углубленного анализа.
Конвейер виртуального скрининга
03
Развитие технологии in‑silico‑скрининга (TRL 3—4), включающей молекулярный докинг и короткое молекулярно‑динамическое моделирование. Задача — перейти к промышленной эксплуатации, внедрив легкие ранжирующие алгоритмы искусственного интеллекта для оценки селективности и аффинности потенциальных ингибиторов
Создание скрининговых платформ
04
Разработка и оптимизация высокопроизводительных тест-систем для биологического подтверждения эффективности веществ. Основная цель — сформировать стабильную систему формата 96 лунок для надежного измерения активности фермента с высоким качеством контроля (Z' ≥ 0,5), пригодную для передачи в промышленность и последующего масштабирования производства.
Сейчас в лабораторию открыт конкурс
Вот что мы предлагаем:
Трудоустройство
Оформляем по ТК и предоставляем ДМС с первого дня
Вознаграждение
Предлагаем конкурентную заработную плату
Сильное руководство
Будете работать в научной лаборатории под руководством ведущих исследователей
Современную инфраструктуру
Получите доступ ко всей рабочей инфраструктуре Центрального университета
Сильную научно-техническую базу
Погрузитесь в обмен знаниями в области ИИ, разработки и бизнес‑аналитики
Младший научный сотрудник
Актуальные вакансии в лабораторию
Высшее образование в области биоинформатики, молекулярной биологии, компьютерных наук или смежных специальностей
Публикации по теме биоинформатики в международных рецензируемых изданиях, индексируемых в базе данных Scopus, в течение последних трех лет (не менее одной публикации в журнале первого квартиля, Q1, согласно рейтингу SCImago Journal & Country Rank)
Практический опыт работы с биологическими данными, включая обработку аминокислотных последовательностей белков и построение филогенетических деревьев
Умение работать с большими объемами данных и проводить их предварительную подготовку для последующего анализа
Младший научный сотрудник
Актуальные вакансии в лабораторию
Программирование на Python с использованием библиотек Pandas, Numpy и Biopython для анализа и визуализации биологических данных
Создание и работа с собственными или существующими базами данных, содержащими аминокислотные последовательности белков
Проведение анализа гомологии белковых последовательностей, построение HMM-моделей и профилей
Навык работы с алгоритмами выравнивания нуклеотидных и аминокислотных последовательностей (Multiple Sequence Alignment, MSA)
Понимание принципов эволюционного анализа и умение создавать филогенетические деревья, включая масштабируемые подходы для анализа крупных наборов данных
Младший научный сотрудник
Актуальные вакансии в лабораторию
Разработать базу данных ферментов биоэнергетики прокариот
Проводить биоинформатический анализ особенностей биоэнергетики бактерий
Участвовать в создании системы скрининга ингибиторов ферментов АТФ-синтазы
Представлять результаты на научных семинарах лаборатории
Читать курсы по биоинформатике для магистров Центрального университета
16 февраля — 16 марта
16 марта — 16 апреля
Апрель
Май
Прием заявок
Project Proposal
Успешные кандидаты приглашаются на интервью и проводят открытый научный семинар, презентуют свои проекты
Оценка
Консультационный совет экспертов Центрального университета оценивает претендентов
Выход в ЦУ
Одобренные кандидаты приступают к работе в Центральном университете не позднее 16 мая